以下は昭和60年8月1日現在と同じ。
下水道局
- 総務部
- 企画室、庶務課、理財課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、管財課、用地課、会計課、契約課、検収課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画部
- 計画第一課、計画第二課、事業計画課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、施設第一課、施設第二課
- 建設部
- 管理課、工事課、設計指導課
- 整備拡充部
- 管理課、土木設計第一課、土木設計第二課、電機設計課、工事課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、維持課
平成2年8月1日（下水道局管理規程第14号）
総務部の「庶務課」を「総務課」に改める。
経理部の「用地課」を廃止する。
計画部の「計画第一課、計画第二課」を「総合計画課、施設計画課」に改める。
「施設管理部」「建設部」及び「整備拡充部」を次のように改める。
- 「施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 管路建設部
- 管理課、工事指導課、設計指導課
- 施設建設部
- 管理課、工事指導課、土木設計課、設備設計課」
平成2年8月1日（下水道局管理規程第16号）
流域下水道本部技術部の「維持課」を「施設管理課」に改める。
下水道局
- 総務部
- 企画室、総務課(H2.8.1)、理財課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、管財課、会計課、契約課、検収課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画部
- 総合計画課(H2.8.1)、施設計画課(H2.8.1)、事業計画課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課(H2.8.1)、施設管理課(H2.8.1)、施設保全課(H2.8.1)
- 管路建設部(H2.8.1)
- 管理課、工事指導課(H2.8.1)、設計指導課
- 施設建設部(H2.8.1)
- 管理課、工事指導課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課(H2.8.1)
平成2年8月1日現在と同じ。
平成6年4月1日（下水道局管理規程第10号）
総務部の「企画室、総務課」を「総務課、企画課」に改める。
下水道局
- 総務部
- 総務課、企画課(H6.4.1)、理財課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、管財課、会計課、契約課、検収課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画部
- 総合計画課、施設計画課、事業計画課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 管路建設部
- 管理課、工事指導課、設計指導課
- 施設建設部
- 管理課、工事指導課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成6年8月1日現在と同じ。
平成10年4月1日（下水道局規程第15号）
「管路建設部」を次のように改める。
- 「建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課」
「施設建設部」を廃止する。
下水道局
- 総務部
- 総務課、企画課、理財課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、管財課、会計課、契約課、検収課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画部
- 総合計画課、施設計画課、事業計画課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 建設部(H10.4.1)
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成11年8月1日現在
平成10年8月1日現在と同じ。
平成12年3月31日（東京都下水道局管理規程第8号）
経理部の「検収課」を廃止する。
平成12年8月1日現在
下水道局
- 総務部
- 総務課、企画課、理財課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、管財課、会計課、契約課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画部
- 総合計画課、施設計画課、事業計画課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 建設部(H10.4.1)
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成13年3月30日（東京都下水道局管理規程第5号）
総務部の「企画課、理財課」を「理財課、広報サービス課」に改める。
業務部の次に「計画調整部」を追加する。
「計画部」を廃止する。
（4月1日から施行）
平成13年8月1日現在
下水道局
- 総務部
- 総務課、理財課、広報サービス課(H13.4.1)
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、管財課、会計課、契約課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画調整部(H13.4.1)
- 計画課、事業調整課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成14年3月29日（下水道局管理規程第6号）
経理部の「管財課」を「資産運用課」に改める。
（4月1日から施行）
下水道局
- 総務部
- 総務課、理財課、広報サービス課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 監理課、資産運用課(H14.4.1)、会計課、契約課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画調整部
- 計画課、事業調整課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成15年8月1日現在
平成14年8月1日現在と同じ。
平成16年4月1日（東京都下水道局管理規程第1号）
経理部の「監理課」を廃止し、その分課を次のように改める。
下水道局
- 総務部
- 総務課、理財課、広報サービス課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部(H16.4.1)
- 会計課、資産運用課、契約課
- 業務部
- 業務課、排水設備課、排水指導課
- 計画調整部
- 計画課、事業調整課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、施設管理課、施設保全課
- 建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成17年8月1日現在
平成16年8月1日現在と同じ。
平成18年3月31日（東京都下水道局管理規程第3号）
「業務部」を廃止する。
経理部に「業務管理課」を設置する。
施設管理部に「排水設備課」及び「環境管理課」を設置する。
（4月1日から施行）
下水道局
- 総務部
- 総務課、理財課、広報サービス課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 業務管理課（H18.4.1）、会計課、資産運用課、契約課
- 計画調整部
- 計画課、事業調整課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、排水設備課（H18.4.1）、施設管理課、施設保全課、環境管理課（H18.4.1）
- 建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、用地課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成18年8月1日現在と同じ。
平成30年3月28日（東京都下水道局管理規程第3号）
流域下水道本部管理部「用地課」を「経理課」に改める。
（4月1日から施行）
下水道局
- 総務部
- 総務課、理財課、広報サービス課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 業務管理課、会計課、資産運用課、契約課
- 計画調整部
- 計画課、事業調整課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、排水設備課、施設管理課、施設保全課、環境管理課
- 建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、経理課（H30.4.1）
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
平成30年8月1日～令和3年
平成30年4月1日現在と同じ。
令和4年3月31日（東京都下水道局管理規程第1号）
総務部「総務課」の次に「企画調整課」を加える。
（4月1日から施行）
下水道局
- 総務部
- 総務課、企画調整課（R4.4.1）、理財課、広報サービス課
- 職員部
- 人事課、労務課
- 経理部
- 業務管理課、会計課、資産運用課、契約課
- 計画調整部
- 計画課、事業調整課、技術開発課
- 施設管理部
- 管理課、管路管理課、排水設備課、施設管理課、施設保全課、環境管理課
- 建設部
- 管理課、工務課、設計調整課、土木設計課、設備設計課
流域下水道本部
- 管理部
- 管理課、経理課
- 技術部
- 計画課、工事課、設計課、施設管理課
令和5年
令和4年4月1日現在と同じ。