平成16年3月18日（東京都条例第3号、東京都組織条例）
総務局の前に「知事本局」を置き、「都市計画局」を「都市整備局」に、「福祉局」を「福祉保健局」に改め、「健康局」及び「住宅局」を廃止する。
平成16年4月1日から施行。ただし、「福祉局」を「福祉保健局」に改める部分、及び健康局を廃止する項の改正規定は同年8月1日から施行する。
平成16年4月1日（東京都規則第120号、東京都組織規程）
（1）平成16年4月1日から施行の分
総務局の前に「知事本局」を置き、その分課を次のように定める。
「知事本局
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課」
財務局財産運用部の「管理運用課、売却促進課、評価測量課、国有財産管理課」を「活用促進課、評価測量課」に改める。
主税局徴収部の「徴収指導室」を「都税還付管理室、徴収指導室、個人都民税対策室」に改める。
生活文化局総務部の「男女平等参画室」を「都民安全対策室」に改め、広報広聴部の次に「都民生活部」を追加し、その分課を次のように定める。
- 「都民生活部
- 管理法人課、男女平等参画・青少年対策室、旅券課」
同局「都民協同部」を廃止し、消費生活部の次に「私学部」及び「文化推進部」を置く。
同局文化推進部事業推進課の次に「活動支援課」を追加する。
「都市計画局」を「都市整備局」に改め、その分課を次のように定める。
「都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発プロジェクト推進室
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、地域住宅課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、民間開発課、防災密集地域整備課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課、住宅技術課」
福祉局生活福祉部の「保護課、指導援護課」を「計画課、保護課」に改める。
産業労働局総務部総務課の次に「政策企画課」を追加する。
同局「産業政策部」を廃止し、商工部の「地域産業振興課、金融課、貸金業対策室」を「地域産業振興課」に改め、同部の次に「金融部」を置き、その分課を次のように定める。
同局の「農林水産部」及び「労働部」を以下のように改める。
- 「農林水産部
- 調整課、食料安全室、農業振興課、水産課、森林課」
- 「雇用就業部
- 調整課、企画開発室、就業推進課、労働環境課、能力開発課」
「住宅局」を廃止する。
建設局道路建設部の「関連事業課」を「鉄道関連事業課」に改め、同局「市街地整備部」及び「多摩ニュータウン事業部」を廃止する。
港湾局港湾経営部の「経営管理課、振興課、水域管理課」を「経営課、振興課、監理課」に改める。
（2）平成16年8月1日から施行の分
「福祉局」を「福祉保健局」に改め、その分課を次のように定める。
「福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画課、改革推進課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査室
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、国民健康保険課、地域福祉推進課、山谷対策課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課、施設経営課
- 少子社会対策部
- 計画課、育成支援課、子育て支援課、子ども医療課
- 障害者施策推進部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課、療育課、精神保健福祉課
- 健康安全室
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、薬事監視課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課、感染症対策課」
「健康局」を廃止する。
平成16年4月1日（東京都訓令第9号、東京都大学管理本部処務規程）
大学管理本部管理部総務課の次に「新大学設立準備室」を追加する。
平成16年4月1日（東京都訓令第46号、東京都病院経営本部処務規程）
病院経営本部経営企画部の「経営企画課」を「総務課」に改める。
平成16年7月30日（東京都訓令第96号、東京都新銀行設立本部処務規程）
東京都新銀行設立本部を設置し、その分課を次のように定める。
（平成16年8月1日から施行）
平成16年8月1日現在
知事本局（H16.4.1)
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課
- 行政改革推進室
- 組織管理課、監理団体指導課
- IT推進室
-
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 勤労部
- 福利課、労務課
- 法務部
- 訟務室、審査法務室
- 統計部
- 調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
大学管理本部
- 管理部
- 総務課、新大学設立準備室（H16.4.1)
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課(H16.4.1)、評価測量課
- 建築保全部
- 工務管理課、技術管理課、計画保全課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、法人調査課、査察課、軽油特別調査室
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、資産特別調査課
- 徴収部
- 計画課、計画課、都税還付管理室(H16.4.1)、徴収指導室、個人都民税対策室(H16.4.1)、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、都民安全対策室(H16.4.1)
- 広報広聴部
- 広聴管理課、広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部(H16.4.1)
- 管理法人課、男女平等参画・青少年対策室、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、事業推進課、活動支援課(H16.4.1)
都市整備局(H16.4.1)
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発プロジェクト推進室
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、地域住宅課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、民間開発課、防災密集地域整備課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課、住宅技術課
環境局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、経理課、移管事業調整室
- 都市地球環境部
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、規制課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局(H16.8.1)
- 総務部
- 総務課、企画課、改革推進課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査室
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、国民健康保険課、地域福祉推進課、山谷対策課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課、施設経営課
- 少子社会対策部
- 計画課、育成支援課、子育て支援課、子ども医療課
- 障害者施策推進部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課、療育課、精神保健福祉課
- 健康安全室
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、薬事監視課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課(H16.4.1)、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、政策企画課(H16.4.1)、職員課、計理課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営革新課、地域産業振興課
- 金融部(H16.4.1)
- 金融課、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 調整課(H16.4.1)、食料安全室(H16.4.1)、農業振興課、水産課、森林課(H16.4.1)
- 雇用就業部(H16.4.1)
- 調整課、企画開発室(H16.4.1)、就業推進課、労働環境課、能力開発課(H16.4.1)
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課、新市場建設室
- 事業部
- 業務課、施設課
新銀行設立本部
- 総務課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課(H16.4.1)、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課(H16.4.1)、振興課、監理課(H16.4.1)
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
平成17年4月1日（東京都規則第94号）
主税局課税部の「法人調査課」を廃止する。
都市整備局総務部の企画経理課の次に「技術管理課」を置く。
同局都営住宅経営部の「住宅技術課」を廃止する。
福祉保険局総務部の「改革推進課」を廃止する。
同局生活福祉部の「山谷対策課」を廃止する。
産業労働局商工部の「経営革新課」を「経営支援課」に改める。
平成17年7月15日（東京都規則第138号）
総務局ＩＴ推進室の次に「首都大学支援部」を置き、その分課を次のように定める。
（7月16日から施行）
生活文化局総務部の「都民安全対策室」を廃止する（8月1日施行）
産業労働局金融部金融課の次に「監理課」を置く。
（7月16日から施行）
平成17年7月15日（東京都訓令第61号）
東京都青少年・治安対策本部を置き、その分課を次のように定める。
「東京都青少年・治安対策本部
- 青少年育成総合対策部
- 総務課、健全育成課、治安対策課、交通安全対策課」
（8月1日から施行）
平成17年7月15日（東京都訓令第62号）
「大学管理本部」を廃止する。
（7月16日から施行）
平成17年7月15日（東京都訓令第64号）
「新銀行設立本部」を廃止する。
（7月16日から施行）
平成17年8月1日現在
知事本局
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
青少年・治安対策本部(H17.8.1)
- 青少年育成総合対策部
- 総務課、健全育成課、治安対策課、交通安全対策課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課
- 行政改革推進室
- 組織管理課、監理団体指導課
- IT推進室
-
- 首都大学支援部(H17.7.16)
- 大学調整課
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課、行政監察室
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 勤労部
- 福利課、労務課
- 法務部
- 訟務室、審査法務室
- 統計部
- 調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課、
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課、評価測量課
- 建築保全部
- 工務管理課、技術管理課、計画保全課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課、軽油特別調査室
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、資産特別調査課
- 徴収部
- 計画課、都税還付管理室、徴収指導室、個人都民税対策室、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広聴管理課、広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、男女平等参画・青少年対策室、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、事業推進課、活動支援課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課(H17.4.1)
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発プロジェクト推進室
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、地域住宅課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、民間開発課、防災密集地域整備課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
環境局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、経理課、移管事業調整室
- 都市地球環境部
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、規制課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査室
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、国民健康保険課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課、施設経営課
- 少子社会対策部
- 計画課、育成支援課、子育て支援課、子ども医療課
- 障害者施策推進部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課、療育課、精神保健福祉課
- 健康安全室
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、薬事監視課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、政策企画課、職員課、計理課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課(H17.4.1)、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、監理課(H17.7.16)、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全室、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、企画開発室、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課、新市場建設室
- 事業部
- 業務課、施設課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課、監理課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
平成17年10月13日（東京都規則第191号）
生活文化局都民生活部の「男女平等参画・青少年対策室」を「男女平等参画室」に改める。
平成18年3月31日（東京都規則第59号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
総務局「行政改革推進室」を廃止し、「行政改革推進部」を設置する。
同局行政改革推進部に「行政改革課」及び「監理団体指導課」を設置する。
財務局主計部の「予算第一課」、「予算第二課」、「予算第三課」を廃止し、「予算第一課」及び「予算第二課」を設置する。
主税局資産税部の「固定資産評価課」及び「資産特別調査課」を廃止し、「固定資産評価課」を設置する。
同局徴収部の「徴収指導室」を廃止し、「徴収指導課」を設置する。
都市整備局市街地整備部の「防災密集地域整備課」を廃止し、「防災都市づくり課」を設置する。
環境局総務部の「移管事業調整室」を廃止する。
建設局公園緑地部の「霊園課」を廃止する。
（4月1日施行）
平成18年3月31日（東京都訓令第10号）
東京都青少年・治安対策本部の「青少年育成総合対策部」を「総合対策部」に、「交通安全対策課」を「交通安全課」に改める。
（4月1日から施行）
平成18年3月31日（東京都訓令第11号）
「東京オリンピック招致本部」を設置する。
東京オリンピック招致本部に「企画部」及び「招致推進部」を設置する。
同本部企画部に「総務課」を、招致推進部に「調整課」及び「計画課」を設置する。
（4月1日から施行）
平成18年8月1日現在
知事本局
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部（H18.4.1）
- 総務課、健全育成課、治安対策課、交通安全課
東京オリンピック招致本部（H18.4.1）
- 企画部
- 総務課
- 招致推進部
- 調整課、計画課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課
- 行政改革推進部（H18.4.1）
- 行政改革課、監理団体指導課
- IT推進室
-
- 首都大学支援部
- 大学調整課
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 勤労部
- 福利課、労務課
- 法務部
- 訟務室、審査法務室
- 統計部
- 調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、公債課、
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課、評価測量課
- 建築保全部
- 工務管理課、技術管理課、計画保全課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、査察課、軽油特別調査室
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、都税還付管理室、徴収指導課（H18.4.1）、個人都民税対策室、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広聴管理課、広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、男女平等参画室（H17.10.13）、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、事業推進課、活動支援課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発プロジェクト推進室
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、地域住宅課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、民間開発課、防災都市づくり課（H18.4.1）、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
環境局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、経理課
- 都市地球環境部
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、規制課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査室
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、国民健康保険課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課、施設経営課
- 少子社会対策部
- 計画課、育成支援課、子育て支援課、子ども医療課
- 障害者施策推進部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課、療育課、精神保健福祉課
- 健康安全室
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、薬事監視課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、政策企画課、職員課、計理課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、監理課、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全室、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、企画開発室、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課、新市場建設室
- 事業部
- 業務課、施設課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課、監理課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
平成19年2月7日（東京都規則第6号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
「出納長室」を「会計管理局」に改める。
会計管理局に「管理部」及び「警察・消防出納部」を設置する。
管理部に「総務課」、「公金管理課」、「会計企画課」、「出納課」を設置する。
警察・消防出納部に「警察出納課」及び「消防出納課」を設置する。
（4月1日から施行）
平成19年3月16日（東京都条例第13号、東京都組織条例の一部を改正する条例）
「生活文化局」を「生活文化スポーツ局」に改める。
（4月1日から施行）
平成19年3月30日（東京都規則第47号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
総務局の「法務部」を廃止する。
同局総務部に「法務課」を設置する。
同局の「IT推進室」を「情報システム部」に改める。
同局情報システム部に「情報システム課」を設置する。
同局に「国体推進部」を設置する。
同局国体推進部に「企画課」及び「競技課」を設置する。
財務局建築保全部の「工務管理課」を「工務課」に改める。
同局同部の「計画安全課」を廃止する。
主税局課税部の「軽油特別調査室」を「軽油調査課」に改める。
同局徴収部の「都税還付管理室」を廃止する。
生活文化スポーツ局広報広聴部の「広聴管理課」を廃止する。
同局に「スポーツ振興部」を設置する。
同局スポーツ振興部に「スポーツ振興課」を設置する。
環境局の「総務部」を廃止し、「環境政策部」を設置する。
同局環境政策部に「総務課」、「環境政策課」、「経理課」を設置する。
福祉保健局の「指導監査室」を「指導監査部」に改める。
同局障害者施策推進部の「在宅福祉課」、「施設福祉課」、「療育課」、「精神保健福祉課」を廃止し、「自立生活支援課」、「居住支援課」、「精神保健・医療課」を設置する。
同局健康安全室の「環境水道課」を廃止する。
産業労働局雇用就業部の「企画開発室」を廃止する。
中央卸売市場管理部の「新市場建設室」を「新市場建設課」に改める。
（4月1日から施行）
平成19年3月30日（東京都訓令第44号）
青少年・治安対策本部総合対策部の「健全育成課」を廃止し、「青少年課」及び「安全・安心まちづくり課」を設置する。
（4月1日から施行）
平成19年3月30日（東京都訓令第45号）
東京オリンピック招致本部招致推進部の「計画課」を廃止し、「競技計画課」及び「運営計画課」を設置する。
（4月1日から施行）
平成19年8月1日現在
知事本局
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課（H19.4.1）、治安対策課、安全・安心まちづくり課（H19.4.1）、交通安全課
東京オリンピック招致本部
- 企画部
- 総務課
- 招致推進部
- 調整課、競技計画課（H19.4.1）、運営計画課（H19.4.1）
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課、法務課（H19.4.1）
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報システム部（H19.4.1）
- 情報システム課
- 首都大学支援部
- 大学調整課
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 勤労部
- 福利課、労務課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
- 国体推進部（H19.4.1）
- 企画課、競技課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、公債課、
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課、評価測量課
- 建築保全部
- 工務課（H19.4.1）、技術管理課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、軽油調査課（H19.4.1）、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、個人都民税対策室、機動整理課
生活文化スポーツ局（H19.4.1）
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、男女平等参画室、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、事業推進課、活動支援課
- スポーツ振興部（H19.4.1）
- スポーツ振興課
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発プロジェクト推進室
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、地域住宅課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、民間開発課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
環境局
- 環境政策部（H19.4.1）
- 総務課、環境政策課、経理課
- 都市地球環境部
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、規制課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、契約管財課、職員課
- 指導監査部（H19.4.1）
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、国民健康保険課、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課、施設経営課
- 少子社会対策部
- 計画課、育成支援課、子育て支援課、子ども医療課
- 障害者施策推進部
- 計画課、自立生活支援課（H19.4.1）、居住支援課（H19.4.1）、精神保健・医療課（H19.4.1）
- 健康安全室
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、薬事監視課、環境保健課、環境衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、政策企画課、職員課、計理課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、監理課、貸金業対策課
- 観光部
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全室、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課、新市場建設課（H19.4.1）
- 事業部
- 業務課、施設課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課、監理課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局（H19.4.1）
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課
平成20年4月1日（東京都規則第119号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
知事本局の分課を次のように改める。
- 「総務部
- 秘書課、総務課、調整課
- 地方分権推進室
-
- 外務部
- 外務課
- 基地対策室
-
- 政策部
- 政策課、報道課
- 計画調整部
- 計画調整課」
総務局人事部「人事課｣を、｢人事課、職員支援課｣に改める。
同局「勤労部」を廃止する。
同局の｢国体推進部｣を｢国体・障害者スポーツ大会推進部｣に改める。
財務局経理部の｢輸送課｣を廃止する。
主税局徴収部の｢徴収指導課｣を｢徴収指導課、納税推進課｣に改める。
生活文化スポーツ局文化振興部の｢事業推進課、活動支援課｣を｢文化事業課」に改め、「スポーツ振興課」を「スポーツ計画課、スポーツ事業課｣に改める。
環境局環境改善部の｢有害化学物質対策課」を｢化学物質対策課｣に改める。
福祉保健局総務部の｢企画課、計理課｣を｢企画計理課｣に改める。
同局保健政策部の医療助成課の次に、｢国民健康保険課｣を加える。
同局生活福祉部の｢国民健康保険課｣を｢生活支援課｣に改める。
同局障害者施策推進部の精神保健・医療課の次に｢障害者国際スポーツ課｣を加える。
同局の｢健康安全室｣を｢健康安全部｣に改める。
産業労働局総務部の「政策企画課、職員課、計理課｣を｢企画計理課、職員課｣に改める。
建設局総務部の｢企画調整課、技術管理課、職員課、計理課｣を｢企画計理課、技術管理課、職員課｣に改める。
港湾局総務部の｢企画課、計理課｣を｢企画計理課｣に改める。
同局港湾経営部の｢振興課、監理課｣を｢振興課｣に改める。
（4月1日から施行）
平成20年4月1日（東京都訓令第13号、東京都東京オリンピック招致本部処務規程の一部を改正する訓令）
東京都東京オリンピック招致本部企画部の｢総務課｣を｢総務課、事業調整課｣に改める。
招致推進部の｢調整課｣を｢計画調整課｣に、｢運営計画課｣を｢運営計画課、施設計画課｣に改める。
平成20年4月1日（東京都規則第124号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
産業労働局金融部の「監理課」を廃止する。
同部の次に｢金融監理室 監理課｣を加える。
（4月1日から施行）
平成20年7月1日（東京都規則第157号、東京都組織規程の一部を改正する規則）
「東京オリンピック招致本部」を「東京オリンピック・パラリンピック招致本部」に改める。
（7月1日から施行）
平成20年7月1日（東京都訓令第61号、東京都東京オリンピック・パラリンピック招致本部処務規程を定める訓令）
東京都東京オリンピック・パラリンピック招致本部処務規程を定め、本部に次の部及び課を置く。
- 「企画部
- 総務課、事業調整課
- 招致推進部
- 計画調整課、競技計画課、運営計画課、施設計画課」
注：
｢東京都東京オリンピック招致本部処務規程（平成18年東京都訓令第11号）｣は、平成20年東京都訓令第60号において廃止された。（平成20年7月1日）
平成20年8月1日現在
知事本局
- 総務部（H20.4.1）
- 秘書課、総務課、調整課
- 地方分権推進室（H20.4.1）
-
- 外務部（H20.4.1）
- 外務課
- 基地対策室（H20.4.1）
-
- 政策部
- 政策課、報道課
- 計画調整部（H20.4.1）
- 計画調整課
青少年・治安対策本部
- 総合対策部
- 総務課、青少年課、治安対策課、安全・安心まちづくり課、交通安全課
東京オリンピック・パラリンピック招致本部（H20.7.1）
- 企画部
- 総務課、事業調整課
- 招致推進部
- 計画調整課、競技計画課、運営計画課、施設計画課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課、法務課
- 行政改革推進部
- 行政改革課、監理団体指導課
- 情報システム部
- 情報システム課
- 首都大学支援部
- 大学調整課
- 人事部
- 人事課、職員支援課（H20.4.1）、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 統計部
- 調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
- 国体・障害者スポーツ大会推進部（H20.4.1）
- 企画課、競技課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、公債課、
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、活用促進課、評価測量課
- 建築保全部
- 工務課、技術管理課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、軽油調査課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導課、納税推進課（H20.4.1）、個人都民税対策室、機動整理課
生活文化スポーツ局
- 総務部
- 総務課、企画計理課
- 広報広聴部
- 広報課、情報公開課、都民の声課
- 都民生活部
- 管理法人課、男女平等参画室、旅券課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 文化振興部
- 企画調整課、文化事業課（H20.4.1）
- スポーツ振興部
- スポーツ計画課（H20.4.1）、スポーツ事業課（H20.4.1）
都市整備局
- 総務部
- 総務課、職員課、企画経理課、技術管理課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、都市計画課、土地利用計画課、開発プロジェクト推進室
- 住宅政策推進部
- 住宅政策課、民間住宅課、地域住宅課、不動産業課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 市街地整備部
- 管理課、企画課、民間開発課、防災都市づくり課、区画整理課、再開発課、多摩ニュータウン事業室
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
- 都営住宅経営部
- 経営企画課、指導管理課、資産活用課、住宅整備課、施設整備課
環境局
- 環境政策部
- 総務課、環境政策課、経理課
- 都市地球環境部
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課、化学物質対策課（H20.4.1）、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、規制課
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課、水環境課
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉保健局
- 総務部
- 総務課、企画計理課（H20.4.1）、契約管財課、職員課
- 指導監査部
- 指導調整課、指導第一課、指導第二課、指導第三課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 保健政策部
- 保健政策課、健康推進課、疾病対策課、医療助成課、国民健康保険課（H20.4.1）
- 生活福祉部
- 計画課、保護課、生活支援課（H20.4.1）、地域福祉推進課
- 高齢社会対策部
- 計画課、介護保険課、在宅支援課、施設支援課、施設経営課
- 少子社会対策部
- 計画課、育成支援課、子育て支援課、子ども医療課
- 障害者施策推進部
- 計画課、自立生活支援課、居住支援課、精神保健・医療課、障害者国際スポーツ課（H20.4.1）
- 健康安全部（H20.4.1）
- 健康安全課、食品監視課、薬務課、薬事監視課、環境保健課、環境衛生課、感染症対策課
病院経営本部
- 経営企画部
- 総務課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、企画計理課（H20.4.1）、職員課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営支援課、地域産業振興課
- 金融部
- 金融課、貸金業対策課
- 金融監理室（H20.4.1）
- 監理課
- 観光部
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 調整課、食料安全室、農業振興課、水産課、森林課
- 雇用就業部
- 調整課、就業推進課、労働環境課、能力開発課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課、新市場建設課
- 事業部
- 業務課、施設課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画計理課（H20.4.1）、技術管理課、職員課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、鉄道関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画計理課（H20.4.1）、財務課
- 港湾経営部
- 経営課、振興課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
会計管理局
- 管理部
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課
- 警察・消防出納部
- 警察出納課、消防出納課