平成11年4月1日（東京都規則第127号）
主税局総務部の「企画課」を廃止し、同局徴収部特別機動整理室の次に「多摩特別機動整理室」を追加する。
福祉局障害福祉部の「精神薄弱者福祉課」を「知的障害者福祉課」に改める。
衛生局生活環境部環境指導課の次に「環境保健課」を追加し、同局医療福祉部の「環境公害保健課」を廃止し、同局薬務部の「薬事衛生課」を「薬事指導課、薬務審査課」に改め、同局の「豊島病院開設準備室」を廃止する。
住宅局建設部の「大規模団地対策室」を「大規模総合建替計画室」に改める。
清掃局工場建設部推進課の次に「建設計画課」を追加する。
平成11年4月1日（東京都訓令第34号）
高齢者施策推進室高齢政策部の次に「介護保険対策室」を追加する。
平成11年4月1日（東京都訓令第50号）
多摩都市整備本部管理部経理課の次に「宅地販売課」を追加する。
平成11年6月16日（東京都規則第167号）
総務局総務部の「行政管理課」を廃止する。
労働経済局総務部の次に「産業政策室」を追加する。
平成11年8月1日現在
政策報道室
- 政策調整部
- 総務課
- 広報部
- 企画管理課、報道課、放送課、出版課、
- 計画部
-
- 調査部
-
- 都民の声部
- 情報公開課、調査広聴課、相談提案課
総務局
- 知事室
-
- 総務部
- 総務課、文書課、情報システム管理課
- 行政改革推進室
-
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 指導課、地方分権推進課(H10.9.1)、区政課、地方課、地域振興課
- 災害対策部
- 防災計画課、応急対策課、
- 勤労部
- 福利課、労務課、健康管理課
- 法務部
- 訟務室、不服審査法務室
- 統計部
- 管理課、統計調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 学事部
- 学事第一課、学事第二課
- 人権部
- 企画課、普及啓発課、同和対策事業課
都立大学
- 事務局
- 総務課、企画調整課、会計課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 管財部
- 管理課、総合調整課、財産管理指導課、財産処理課
- 用地部
- 用地課、評価室、測量課、境界確定課
- 庁舎管理部
- 管理課、施設課、通信課、
- 営繕部
- 工務課、技術管理課、コスト管理室、建築第一課、建築第ニ課、建築第三課、設備第一課、設備第ニ課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、歳入課、システム管理課、運用管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、法人調査課、調査査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、
- 徴収部
- 計画課、徴収指導室、機動整理課、特別機動整理室、多摩特別機動整理室(H11.4.1)
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、交通安全対策室
- コミュニティ文化部
- 振興計画課、文化事業課、観光レクリエーション課
- 国際部
- 国際化推進課、外事課、交流推進室、旅券課
- 女性青少年部
- 青少年課、女性計画課
- 消費生活部
- 企画調整課、指導課、生活環境課、流通対策課
都市計画局
- 総務部
- 総務課、相談情報課、土地調整課
- 総合計画部
- 都市整備室、開発企画室、多摩開発企画室
- 地域計画部
- 都市計画課、土地利用計画課、公園緑地計画課
- 施設計画部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 開発計画部
- 管理課、防災計画課、再開発計画課、市街地開発課
- 建築指導部
- 監理課、調査課、建政課、建築防災課、建築指導課、建築紛争調整室
環境保全局
- 環境管理部
- 環境計画室、総務課、指導相談課、環境影響評価審査室
- 自然保護部
- 緑化推進室、保全課
- 大気保全部
- 計画調整課、大気規制課、大気監視課、自動車公害対策室、騒音振動課
- 水質保全部
- 計画調整課、水質規制課、水質監視課
- 助成指導部
- 助成立地課、高圧ガス課、火薬電気課
福祉局
- 総務部
- 総務課、計画調整課、計理課、職員課
- 地域福祉推進部
- 地域福祉振興課、福祉人材課、推進指導課
- 生活福祉部
- 保護課、指導課、援護福祉課、山谷対策室
- 子ども家庭部
- 計画課、育成課、子育て推進課
- 障害福祉部
- 計画課、在宅福祉課、身体障害者福祉課、知的障害者福祉課(H11.4.1)
- 社会保険管理部
- 管理課、企画課、保健福祉施設課、業務課
- 社会保険指導部
- 保険指導課、特別区国民年金指導課、市町村国民年金指導課、保険医療課、船員保険課
- 国民健康保険部
- 指導課、医療課
高齢者施策推進室
- 高齢政策部
- 企画課、総務課
- 介護保険対策室(H11.4.1)
-
- 保健福祉部
- 地域施設課、在宅サービス課、指導助成課
- 施設事業部
- 管理課、事業課
衛生局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、職員課、地域保健課、保健情報課
- 健康推進部
- 健康推進課、成人保健課、母子保健課
- 生活環境部
- 環境衛生課、環境指導課、環境保健課(H11.4.1)、食品保健課、獣医衛生課
- 医療計画部
- 医療計画課、救急災害医療課、医務指導課、看護課
- 医療福祉部
- 医療福祉課、精神保健福祉課、特殊疾病対策課結核感染症課、エイズ対策室、
- 薬務部
- 薬務課、薬事指導課(H11.4.1)、薬事審査課(H11.4.1)
- 病院事業部
- 管理課、経営企画課、財務課
労働経済局
- 総務部
- 企画調査課、総務課、職員課、計理課、産業政策室(H11.6.16)
- 労政部
- 計画課、労働組合課、労働福祉課、高齢者就業推進室
- 職業安定部
- 職業安定課、職業対策課
- 職業能力開発部
- 調整課、開発課、振興課
- 雇用保険部
- 監理課、徴収課、事務組合課
- 商工計画部
- 計画課、地域産業課、指導課、信用組合課
- 商工振興部
- 金融課、工業振興課、流通産業振興課、特別融資課
- 農林水産部
- 農政課、農地緑生課、農芸畜産課、水産課、林務課
中央卸売市場
- 経営管理部
- 総務課、企画財務課、経理課、経営指導課、業務課、
- 施設部
- 施設課、設備管理課、築地市場再整備室
住宅局
- 総務部
- 住宅政策室、総務課、経理課
- 開発調整部
- 都民住宅課、住宅計画課、民間住宅課、住環境整備課、技術開発課
- 建設部
- 調整課、推進課、大規模総合建替計画室(H11.4.1)、住宅改善課、施設整備課
- 管理部
- 管理課、募集課、管理指導課、家賃収納課、財産管理室
- 不動産業指導部
- 免許課、指導課
多摩都市整備本部
- 管理部
- 企画推進室、総務課、経理課、宅地販売課(H11.4.1)
- 建設計画部
- 事業推進課、施設整備課、開発事業課、
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、計画課、改修課、防災課
- 再開発部
- 管理課、計画課、権利調整課、施設建設課
- 区画整理部
- 管理課、計画課、移転工事課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港営部
- 港営課、振興課、水域管理課
- 開発部
- 開発調整課、開発技術課、海上公園課、臨海副都心開発推進室
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
清掃局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課、
- ごみ減量総合対策室
-
- 作業部
- 管理課、指導課、作業課、リサイクル事業課
- 工場管理部
- 管理課、技術課
- 環境指導部
- 指導助成課、産業廃棄物指導課、
- 工場建設部
- 管理課、推進課、建設計画課、建設調整課、建設第一課、建設第二課
- 施設部
- 管理課、工事課
出納長室
- 総務課、会計管理室、審査課、出納課、国費企業課、用品課
平成11年12月1日（東京都規則第227号）
財務局用地部の「評価室」を「評価課」に改める。
平成12年3月15日（東京都条例第2号）
東京都組織条例の一部を次のように改正する。
「環境保全局」を「環境局」に改める。
「清掃局」を廃止する。
（4月1日から施行）
平成12年3月31日（東京都規則第190号）
財務局の「管財部」を「財産運用部」に改める。
- 「財産運用部
- 管理課、総合調整課、管理運用課、処理推進課、売却促進課、評価測量課、国有財産管理課」
財務局の「用地部」を廃止する。
主税局税制部の「運用管理課」を廃止し、同局課税部の「調査査察課」を「査察課」に改め、同局資産税部固定資産評価課の次に「資産特別調査課」を追加する。
生活文化局国際部の「交流推進室」を「交流推進課」に改め、同局女性青少年部の「女性計画課」を「男女平等参画課」に改める。
都市計画局建築指導部の「建築防災課」を廃止する。
環境保全局を次のように改める。
「環境局
- 総務部
- 総務課、企画課、経理課、情報連携課、移管事業調整室、管理調整課、派遣職員課、財務管理課
- 環境改善部
- 計画課、規制指導課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、事業推進課、
- 自然環境部
- 計画課、保全課
- 廃棄物対策部
- 計画課、指導助成課、産業廃棄物対策課、埋立管理課
- 環境評価部
- 環境影響評価審査課、広域監視課」
福祉局障害福祉部の「身体障害者福祉課、知的障害者福祉課」を「施設福祉課」に改め、同局の「社会保険管理部」及び「社会保険指導部」を廃止する。
衛生局総務部の「保健情報課」を廃止し、同局健康推進部の「母子保健課」の次に「障害児療育課」を追加する。
労働経済局労政部計画課の次に「就業推進課」を追加し、同部の「高齢者就業推進室」を廃止し、同局の「職業安定部」及び「雇用保険部」を廃止し、同局商工計画部の「信用組合課」を廃止する。
住宅局管理部の「財産管理室」を「財産管理課」に改める。
港湾局開発部の「臨海副都心開発推進室」を「臨海副都心開発課」に改める。
「清掃局」を廃止する。
（4月1日から施行）
平成12年3月31日（東京都訓令第24号）
高齢者施策推進室の「介護保険対策室」を「介護保険室」に改め、同室保険福祉部の「指導助成課」を「医療助成課、指導検査課」に改め、同室施設事業部の「事業課」を「施設経営課」に改める。
（4月1日から施行）
平成12年3月31日（東京都訓令第37号）
中央卸売市場経営管理部の「企画財務課、経理課」を「企画課、財務課」に改める。
（4月1日から施行）
平成12年8月1日（東京都規則第328号）
総務局の「知事室」を廃止する。
労働経済局の「産業政策室」を廃止する。
出納長室の「会計管理室」を「会計企画課」に改め、同室の「国費企業課」を廃止する。
平成12年8月1日（東京都訓令第69号）
政策報道室政策調整部の前に「知事室」を置く。
平成12年8月1日現在
政策報道室
- 知事室(H12.8.1)
-
- 政策調整部
- 総務課
- 広報部
- 企画管理課、報道課、放送課、出版課、
- 計画部
-
- 調査部
-
- 都民の声部
- 情報公開課、調査広聴課、相談提案課
総務局
- 総務部
- 総務課、文書課、情報システム管理課
- 行政改革推進室
-
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 指導課、地方分権推進課、区政課、地方課、地域振興課
- 災害対策部
- 防災計画課、応急対策課、
- 勤労部
- 福利課、労務課、健康管理課
- 法務部
- 訟務室、不服審査法務室
- 統計部
- 管理課、統計調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 学事部
- 学事第一課、学事第二課
- 人権部
- 企画課、普及啓発課、同和対策事業課
都立大学
- 事務局
- 総務課、企画調整課、会計課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部(H12.4.1)
- 管理課、総合調整課、管理運用課(H12.4.1)、処理推進課(H12.4.1)、売却促進課(H12.4.1)、評価測量課(H12.4.1)、国有財産管理課(H12.4.1)
- 庁舎管理部
- 管理課、施設課、通信課
- 営繕部
- 工務課、技術管理課、コスト管理室、建築第一課、建築第ニ課、建築第三課、設備第一課、設備第ニ課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、法人調査課、査察課(H12.4.1)
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、資産特別調査課(H12.4.1)
- 徴収部
- 計画課、徴収指導室、機動整理課、特別機動整理室、多摩特別機動整理室
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、交通安全対策室
- コミュニティ文化部
- 振興計画課、文化事業課、観光レクリエーション課
- 国際部
- 国際化推進課、外事課、交流推進課(H12.4.1)、旅券課
- 女性青少年部
- 青少年課、男女平等参画課(H12.4.1)
- 消費生活部
- 企画調整課、指導課、生活環境課、流通対策課
都市計画局
- 総務部
- 総務課、相談情報課、土地調整課
- 総合計画部
- 都市整備室、開発企画室、多摩開発企画室
- 地域計画部
- 都市計画課、土地利用計画課、公園緑地計画課
- 施設計画部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 開発計画部
- 管理課、防災計画課、再開発計画課、市街地開発課
- 建築指導部
- 監理課、調査課、建政課、建築指導課、建築紛争調整室
環境局(H12.4.1)
- 総務部
- 総務課、企画課、経理課、情報連携課
- 移管事業調整室
- 管理調整課、派遣職員課、財務管理課
- 環境改善部
- 計画課、規制指導課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自働車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、事業推進課
- 自然環境部
- 計画課、保全課
- 廃棄物対策部
- 計画課、指導助成課、産業廃棄物対策課、埋立管理課
- 環境評価部
- 環境影響評価審査課、広域監視課
福祉局
- 総務部
- 総務課、計画調整課、計理課、職員課
- 地域福祉推進部
- 地域福祉振興課、福祉人材課、推進指導課
- 生活福祉部
- 保護課、指導課、援護福祉課
- 山谷対策室
-
- 子ども家庭部
- 計画課、育成課、子育て推進課
- 障害福祉部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課(H12.4.1)
- 国民健康保険部
- 指導課、医療課
高齢者施策推進室
- 高齢政策部
- 企画課、総務課
- 介護保険室(H12.4.1)
-
- 保健福祉部
- 地域施設課、在宅サービス課、医療助成課(H12.4.1)、指導検査課(H12.4.1)
- 施設事業部
- 管理課、施設経営課(H12.4.1)
衛生局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、職員課、地域保健課、
- 健康推進部
- 健康推進課、成人保健課、母子保健課、障害児療育課(H12.4.1)
- 生活環境部
- 環境衛生課、環境指導課、環境保健課、食品保健課、獣医衛生課
- 医療計画部
- 医療計画課、救急災害医療課、医務指導課、看護課
- 医療福祉部
- 医療福祉課、精神保健福祉課、特殊疾病対策課、結核感染症課、エイズ対策室
- 薬務部
- 薬務課、薬事指導課、薬事審査課
- 病院事業部
- 管理課、経営企画課、財務課
労働経済局
- 総務部
- 企画調査課、総務課、職員課、計理課
- 労政部
- 計画課、就業推進課(H12.4.1)、労働組合課、労働福祉課
- 職業能力開発部
- 調整課、開発課、振興課
- 商工計画部
- 計画課、地域産業課、指導課、
- 商工振興部
- 金融課、工業振興課、流通産業振興課、特別融資課
- 農林水産部
- 農政課、農地緑生課、農芸畜産課、水産課、林務課
中央卸売市場
- 経営管理部
- 総務課、企画課、財務課、経営指導課、業務課、
- 施設部
- 施設課、設備管理課、築地市場再整備室
住宅局
- 総務部
- 住宅政策室、総務課、経理課
- 開発調整部
- 都民住宅課、住宅計画課、民間住宅課、住環境整備課、技術開発課
- 建設部
- 調整課、推進課、大規模総合建替計画室、住宅改善課、施設整備課
- 管理部
- 管理課、募集課、管理指導課、家賃収納課、財産管理課(H12.4.1)
- 不動産業指導部
- 免許課、指導課
多摩都市整備本部
- 管理部
- 企画推進室、総務課、経理課、宅地販売課
- 建設計画部
- 事業推進課、施設整備課、開発事業課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、計画課、改修課、防災課
- 再開発部
- 管理課、計画課、権利調整課、施設建設課
- 区画整理部
- 管理課、計画課、移転工事課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港営部
- 港営課、振興課、水域管理課
- 開発部
- 開発調整課、開発技術課、海上公園課、臨海副都心開発課(H12.4.1)
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、会計企画課(H12.8.1)、審査課、出納課、用品課
平成13年3月15日（東京都組織条例第2号）
「労働経済局」を「産業労働局」に改める。
（4月1日から施行）
平成13年3月30日（東京都規則第133号）
総務局総務部総務課の次に「庁内利用管理課」を追加し、同部の「情報システム管理課」を廃止し、同局の「行政改革推進室」を次のように改める。
- 「行政改革推進室
- 組織管理課、監理団体指導課、ＩＴ推進室」
総務局行政部の「指導課、地方分権推進課」を「振興企画課」に改め、「地方課、地域振興課」を「市町村課」に改め、同局の「学事部」を廃止する。
財務局財産運用部の「処理推進課」を廃止し、同局庁舎管理部の「通信課」を廃止し、同局営繕部の「工務課、技術管理課、コスト管理室」を「営繕計画課、技術管理課」に改め、同部の「建築第三課」を廃止する。
主税局税制部税制課の次に「税制調査課」を追加する。
生活文化局の分課を次のように改める。
「生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、男女平等参画室
- 広報広聴部
- 企画管理課、広報課、広聴課、情報公開課、相談課
- 文化振興部
- 振興計画課、文化事業課、地域国際化推進課、
- 都民協働部
- 市民活動推進課、青少年課、交通安全対策室、旅券課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課、
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、安全表示課、流通環境課」
環境局移管事業調整室の「財務管理課」を廃止し、同局自動車公害対策部の「事業推進課」を「指導普及課」に改め、同局廃棄物対策部の「指導助成課」を「一般廃棄物対策課」に改める。
福祉局総務部計画調整課の次に「福祉改革推進課」を追加し、同部職員課の次に「監理指導課」を追加し、同局の「地域福祉推進部」を廃止し、同局の「生活福祉部」及び「山谷対策室」を次のように改める。
- 「生活福祉部
- 保護課、指導援護課、地域福祉推進課、山谷対策課
- 高齢者部
- 計画課、在宅サービス課、施設サービス課、指導検査課、施設経営課」
福祉局の「国民健康保険部」を次のように改める。
- 「保険部
- 介護保険課、国民健康保険課、医療保険課、医療助成課」
衛生局医療福祉部の「結核感染症課、エイズ対策室」を「感染症対策課」に改める。
産業労働局の分課を次のように改める。
「産業労働局
- 総務部
- 総務課、職員課、計理課
- 産業政策部
- 企画調整課、調査研究課、経営支援課、多摩経営支援課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営革新課、地域産業振興課、観光産業課、金融課
- 農林水産部
- 農政課、農地緑生課、農芸畜産課、水産課、林務課
- 労働部
- 調整課、労働環境課、就業推進課、能力開発支援課、公共訓練課」
住宅局建設部の「大規模総合立替計画室」を廃止する。
建設局河川部管理課の次に「指導調整課」を追加し、同局の「再開発部」を次のように改め、同局の「区画整理部」を廃止する。
- 「市街地整備部
- 管理課、計画課、区画整理事業課、再開発事業課、工事調整課」
建設局の「区画整理部」を廃止する。
港湾局の「港営部」及び「開発部」を次のように改める。
- 「港湾経営部
- 経営管理課、振興課、水域管理課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課」
「政策報道室」を「知事本部」に改める。
（4月1日から施行）
平成13年3月30日（東京都訓令第14号）
東京都知事本部運営規程を制定し、知事本部の分課を次のように定める。
「知事本部
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課」
（4月1日から施行）
平成13年3月30日（東京都訓令第34号）
東京都高齢者施策推進室を廃止する。（4月1日から施行）
平成13年3月30日（東京都訓令第62号）
中央卸売市場の分課を次のように改める。（4月1日から施行。産業労働局）
「中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、企画課、財務課、築地市場再整備室
- 事業部
- 経営指導課、業務課、施設課、設備管理課」
平成13年3月30日（東京都訓令第64号）
多摩都市整備本部管理部の「企画推進室」及び「宅地販売課」を廃止し、同部総務課の次に「事業企画課」を追加する。（4月1日から施行）
平成13年6月29日（東京都訓令第95から99号まで）
東京都大学管理本部処務規程を制定し、本部に次の部・課を置く。（総務局）
東京都立大学処務規程、東京都立科学技術大学処務規程、東京都立短期大学処務規程及び東京都立保健大学処務規程を廃止する。
（7月1日から施行）
平成13年8月1日現在
知事本部(H13.4.1)
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課(H13.4.1)、文書課
- 行政改革推進室
- 組織管理課(H13.4.1)、監理団体指導課(H13.4.1)
- ＩＴ推進室(H13.4.1)
-
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課(H13.4.1)、区政課、市町村課(H13.4.1)
- 災害対策部
- 防災計画課、応急対策課
- 勤労部
- 福利課、労務課、健康管理課
- 法務部
- 訟務室、不服審査法務室
- 統計部
- 管理課、統計調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、普及啓発課、同和対策事業課
大学管理本部(H13.7.1)
- 管理部
- 総務課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、管理運用課、売却促進課、評価測量課、国有財産管理課
- 庁舎管理部
- 管理課、施設課
- 営繕部
- 営繕計画課(H13.4.1)、技術管理課(H13.4.1)、建築第一課、建築第二課、設備第一課、設備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課(H13.4.1)、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、法人調査課、査察課
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、資産特別調査課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導室、機動整理課、特別機動整理室、多摩特別機動整理室
生活文化局(H13.4.1)
- 総務部
- 総務課、企画計理課、男女平等参画室
- 広報広聴部
- 企画管理課、広報課、広聴課、情報公開課、相談課
- 文化振興部
- 振興計画課、文化事業課、地域国際化推進課
- 都民協働部
- 市民活動推進課、青少年課、交通安全対策室、旅券課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、安全表示課、流通環境課
都市計画局
- 総務部
- 総務課、相談情報課、土地調整課
- 総合計画部
- 都市整備室、開発企画室、多摩開発企画室
- 地域計画部
- 都市計画課、土地利用計画課、公園緑地計画課
- 施設計画部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 開発計画部
- 管理課、防災計画課、再開発計画課、市街地開発課
- 建築指導部
- 監理課、調査課、建政課、建築指導課、建築紛争調整室
環境局
- 総務部
- 総務課、企画課、経理課、情報連携課
- 移管事業調整室
- 管理調整課、派遣職員課
- 環境改善部
- 計画課、規制指導課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、指導普及課(H13.4.1)
- 自然環境部
- 計画課、保全課
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課(H13.4.1)、産業廃棄物対策課、埋立管理課
- 環境評価部
- 環境影響評価審査課、広域監視課
福祉局
- 総務部
- 総務課、計画調整課、福祉改革推進課(H13.4.1)、計理課、職員課、監理指導課(H13.4.1)
- 生活福祉部
- 保護課、指導援護課(H13.4.1)、地域福祉推進課(H13.4.1)、山谷対策課(H13.4.1)
- 高齢者部(H13.4.1)
- 計画課、在宅サービス課、施設サービス課、指導検査課、施設経営課
- 子ども家庭部
- 計画課、育成課、子育て推進課
- 障害福祉部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課
- 保険部(H13.4.1)
- 介護保険課、国民健康保険課、医療保険課、医療助成課
衛生局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、職員課、地域保健課
- 健康推進部
- 健康推進課、成人保健課、母子保健課、障害児療育課
- 生活環境部
- 環境衛生課、環境指導課、環境保健課、食品保健課、獣医衛生課
- 医療計画部
- 医療計画課、救急災害医療課、医務指導課、看護課
- 医療福祉部
- 医療福祉課、精神保健福祉課、特殊疾病対策課、感染症対策課(H13.4.1)
- 薬務部
- 薬務課、薬事指導課、薬事審査課
- 病院事業部
- 管理課、経営企画課、財務課
産業労働局(H13.4.1)
- 総務部
- 総務課、職員課、計理課
- 産業政策部
- 企画調整課、調査研究課、経営支援課、多摩経営支援課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営革新課、地域産業振興課、観光産業課、金融課
- 農林水産部
- 農政課、農地緑生課、農芸畜産課、水産課、林務課
- 労働部
- 調整課、労働環境課、就業推進課、能力開発支援課、公共訓練課
中央卸売市場
- 管理部(H13.4.1)
- 総務課、企画課、財務課、築地市場再整備室(H13.4.1)
- 事業部(H13.4.1)
- 経営指導課(H13.4.1)、業務課(H13.4.1)、施設課、設備管理課
住宅局
- 総務部
- 住宅政策室、総務課、経理課
- 開発調整部
- 都民住宅課、住宅計画課、民間住宅課、住環境整備課、技術開発課
- 建設部
- 調整課、推進課、住宅改善課、施設整備課
- 管理部
- 管理課、募集課、管理指導課、家賃収納課、財産管理課
- 不動産業指導部
- 免許課、指導課
多摩都市整備本部
- 管理部
- 総務課、事業企画課(H13.4.1)、経理課
- 建設計画部
- 事業推進課、施設整備課、開発事業課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、指導調整課(H13.4.1)、計画課、改修課、防災課
- 市街地整備部(H13.4.1)
- 管理課、計画課、区画整理事業課(H13.4.1)、再開発事業課(H13.4.1)、工事調整課(H13.4.1)
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部(H13.4.1)
- 経営管理課(H13.4.1)、振興課、水域管理課
- 臨海開発部(H13.4.1)
- 開発企画課(H13.4.1)、誘致促進課(H13.4.1)、開発整備課(H13.4.1)、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、会計企画課、審査課、出納課、用品課
平成14年3月14日（東京都条例第1号）
「衛生局」を「健康局」に改める（4月1日施行）
平成14年4月1日（東京都規則第142号）
総務局勤労部の「健康管理課」を廃止し、同局法務部の「不服審査法務室」を「審査法務室」に改め、同局人権部の「普及啓発課」を「人権施策推進課」に改め、同部の「同和対策事業課」を廃止する。
主税局課税部査察課の次に「軽油特別調査室」を追加する。
生活文化局文化振興部の「振興計画課、文化事業課、地域国際化推進課」を「企画調整課、事業推進課」に改め、同局消費生活部の「安全表示課、流通環境課」を「生活安全課」に改める。
「都市計画局」を次のように改める。
「都市計画局
- 総務部
- 総務課、都市計画課、土地調査課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、土地利用計画課、開発企画課、多摩開発企画課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 都市防災部
- 調整課、防災都市づくり推進課、再開発課、区画整理課
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課」
環境局の「移管事業調整室」を廃止し、同局総務部情報連携課の次に「移管事業調整室」を追加し、同局自然環境部保全課の次に「自然公園課」を追加する。
環境局の総務部「情報連携課」を「情報連携課、移管事業調整室」に改め、「移管事業調整室」を廃止し、自然環境部「保全課」を「保全課、自然公園課」に改める。
「衛生局」を次のように改める。
「健康局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、職員課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 医療サービス部
- 医療サービス課、子ども医療課、精神保健福祉課、疾病対策課、感染症対策課
- 食品医療品安全部
- 安全対策課、食品監視課、薬務課、薬事監視課
- 地域保健部
- 保健政策課、健康推進課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課」
産業労働局産業政策部の「多摩経営支援課」を廃止し、同局商工部の「観光産業課」を廃止し、「地域産業振興課」に改め、同部の次に「観光部」を追加する。
産業労働局農林水産部の「農地緑生課、農芸畜産課」を「農業振興課、農業基盤整備室」に改める。
住宅局の「開発調整部 建設部 管理部 不動産業指導部」を次のように改める。
- 「地域住宅部
- 地域調整課、計画課、密集地域整備課、技術開発課
- 民間住宅部
- 民間計画課、優良住宅課、免許課、指導課
- 住宅経営部
- 管理課、業務指導課、資産活用課、総合計画課、施設整備課」
建設局市街地整備部の次に「多摩ニュータウン事業部」を追加する。
- 「多摩ニュータウン事業部
- 管理課、宅地販売課、建設事業課」
「出納長室」を次のように改める。
- 「出納長室
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課」
平成14年4月1日（東京都訓令第29号）
病院経営本部を設置し、本部（都立病院等を除く）の分課を次のように定める。
「本部
- 経営企画部
- 経営企画課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課」
平成14年4月1日（東京都訓令第49号）
中央卸売市場管理部の「企画課」を「市場政策課」に改め、「築地市場再整備室」を「新市場建設室」に改め、同市場事業部の「経営指導課」を廃止し、同部の「施設課」を「施設保全課」に改める。
平成14年4月1日（東京都訓令第55号）
「多摩都市整備本部」を廃止する。
平成14年8月1日現在
知事本部
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課
- 行政改革推進室
- 組織管理課、監理団体指導課
- ＩＴ推進室
-
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 災害対策部
- 防災計画課、応急対策課
- 勤労部
- 福利課、労務課
- 法務部
- 訟務室、審査法務室(H14.4.1)
- 統計部
- 管理課、統計調整課、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課(H14.4.1)
大学管理本部
- 管理部
- 総務課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、管理運用課、売却促進課、評価測量課、国有財産管理課
- 庁舎管理部
- 管理課、施設課
- 営繕部
- 営繕計画課、技術管理課、建築第一課、建築第二課、設備第一課、設備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、法人調査課、査察課、軽油特別調査室(H14.4.1)
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、資産特別調査課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導室、機動整理課、特別機動整理室、多摩特別機動整理室
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、男女平等参画室
- 広報広聴部
- 企画管理課、広報課、広聴課、情報公開課、相談課
- 文化振興部
- 企画調整課(H14.4.1)、事業推進課(H14.4.1)
- 都民協働部
- 市民活動推進課、青少年課、交通安全対策室、旅券課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課(H14.4.1)
都市計画局
- 総務部
- 総務課、都市計画課(H14.4.1)、土地調査課(H14.4.1)
- 都市づくり政策部(H14.4.1)
- 広域調整課、土地利用計画課、開発企画課、多摩開発企画課
- 都市基盤部(H14.4.1)
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 都市防災部(H14.4.1)
- 調整課、防災都市づくり推進課、再開発課、区画整理課
- 市街地建築部(H14.4.1)
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
環境局
- 総務部
- 総務課、企画課、経理課、情報連携課、移管事業調整室(H14.4.1)
- 環境改善部
- 計画課、規制指導課、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、指導普及課
- 自然環境部
- 計画課、保全課、自然公園課(H14.4.1)
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課、埋立管理課
- 環境評価部
- 環境影響評価審査課、広域監視課
福祉局
- 総務部
- 総務課、計画調整課、福祉改革推進課、計理課、職員課、監理指導課
- 生活福祉部
- 保護課、指導援護課、地域福祉推進課、山谷対策課
- 高齢者部
- 計画課、在宅サービス課、施設サービス課、指導検査課、施設経営課
- 子ども家庭部
- 計画課、育成課、子育て推進課
- 障害福祉部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課
- 保険部
- 介護保険課、国民健康保険課、医療保険課、医療助成課
健康局(H14.4.1)
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、職員課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 医療サービス部
- 医療サービス課、子ども医療課、精神保健福祉課、疾病対策課、感染症対策課
- 食品医薬品安全部
- 安全対策課、食品監視課、薬務課、薬事監視課
- 地域保健部
- 保健政策課、健康推進課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課
病院経営本部(H14.4.1)
- 経営企画部
- 経営企画課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、職員課、計理課
- 産業政策部
- 企画調整課、調査研究課、経営支援課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営革新課、地域産業振興課、金融課
- 観光部(H14.4.1)
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 農政課、農業振興課(H14.4.1)、農業基盤整備室(H14.4.1)、水産課、林務課
- 労働部
- 調整課、労働環境課、就業推進課、能力開発支援課、公共訓練課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課(H14.4.1)、財務課、新市場建設室(H14.4.1)
- 事業部
- 業務課、施設保全課(H14.4.1)、設備管理課
住宅局
- 総務部
- 住宅政策室、総務課、経理課
- 地域住宅部(H14.4.1)
- 地域調整課、計画課、密集地域整備課、技術開発課
- 民間住宅部(H14.4.1)
- 民間計画課、優良住宅課、免許課、指導課
- 住宅経営部(H14.4.1)
- 管理課、業務指導課、資産活用課、総合計画課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
- 市街地整備部
- 管理課、計画課、区画整理事業課、再開発事業課、工事調整課
- 多摩ニュータウン事業部(H14.4.1)
- 管理課、宅地販売課、建設事業課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営管理課、振興課、水域管理課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、公金管理課(H14.4.1)、会計企画課、出納課
平成15年4月1日（東京都規則第131号）
総務局の「災害対策部」を「総合防災部」に改め、その分課を次のように定める。
- 「総合防災部
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課」
同局統計部の「管理課、統計調整課」を「調整課」に改める。
財務局の「庁舎管理部」を「建築保全部」に改め、その分課を次のように定める。
- 「建築保全部
- 工務管理課、技術管理課、計画保全課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課」
同局の「営繕部」を廃止する。
主税局徴収部の「特別機動整理室、多摩特別機動整理室」を廃止する。
生活文化局の「広報広聴部」を次のように改める。
- 「広報広聴部
- 広聴管理課、広報課、情報公開課、都民の声課」
環境局総務部の「企画課、経理課、情報連携課」を「企画調整課、経理課」に改め、同局同部の次に「都市地球環境部」を追加し、その分課を次のように定める。
- 「都市地球環境部
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課」
同局環境改善部の「規制指導課」を「大気保全課」に改め、同局自動車公害対策部の「指導普及課」を「規制課」に改め、同局自然環境部の「保全課、自然公園課」を「緑環境課、水環境課」に改め、同局廃棄物対策部の「埋立管理課」を廃止し、同局の「環境評価部」を廃止する。
産業労働局産業政策部の「経営支援課」を廃止し、同局商工部金融課の次に「貸金業対策室」を追加する。
平成15年4月1日（東京都訓令第27号）
中央卸売市場事業部の「施設保全課、設備管理課」を「施設課」に改める。
平成15年8月1日現在
知事本部
- 秘書部
- 秘書課、外務課
- 政策部
- 政策課、報道課
- 企画調整部
- 総務課、企画調整課
総務局
- 総務部
- 総務課、庁内利用管理課、文書課
- 行政改革推進室
- 組織管理課、監理団体指導課
- IT推進室
-
- 人事部
- 人事課、制度企画課、調査課
- 行政監察室
-
- 行政部
- 振興企画課、区政課、市町村課
- 総合防災部(H15.4.1)
- 防災管理課、防災対策課、防災通信課
- 勤労部
- 福利課、労務課
- 法務部
- 訟務室、審査法務室
- 統計部
- 調整課(H15.4.1)、人口統計課、商工統計課、経済統計課
- 人権部
- 企画課、人権施策推進課
大学管理本部
- 管理部
- 総務課
財務局
- 経理部
- 総務課、契約第一課、契約第二課、検収課、輸送課
- 主計部
- 議案課、財政課、予算第一課、予算第二課、予算第三課、公債課
- 財産運用部
- 管理課、総合調整課、管理運用課、売却促進課、評価測量課、国有財産管理課
- 建築保全部(H15.4.1)
- 工務管理課、技術管理課、計画保全課、庁舎管理課、施設整備第一課、施設整備第二課
主税局
- 総務部
- 総務課、職員課、経理課
- 税制部
- 税制課、税制調査課、歳入課、システム管理課、評価審査室
- 課税部
- 計画課、課税指導課、法人課税指導課、法人調査課、査察課、軽油特別調査室
- 資産税部
- 計画課、固定資産税課、固定資産評価課、資産特別調査課
- 徴収部
- 計画課、徴収指導室、機動整理課
生活文化局
- 総務部
- 総務課、企画計理課、男女平等参画室
- 広報広聴部
- 広聴管理課(H15.4.1)、広報課、情報公開課、都民の声課(H15.4.1)
- 文化振興部
- 企画調整課、事業推進課
- 都民協働部
- 市民活動推進課、青少年課、交通安全対策室、旅券課
- 私学部
- 私学振興課、私学行政課
- 消費生活部
- 企画調整課、取引指導課、生活安全課
都市計画局
- 総務部
- 総務課、都市計画課、土地調査課
- 都市づくり政策部
- 広域調整課、土地利用計画課、開発企画課、多摩開発企画課
- 都市基盤部
- 調整課、交通企画課、街路計画課、施設計画課
- 都市防災部
- 調整課、防災都市づくり推進課、再開発課、区画整理課
- 市街地建築部
- 調整課、市街地企画課、建築企画課、建築指導課、建設業課
環境局
- 総務部
- 総務課、企画調整課(H15.4.1)、経理課、移管事業調整室
- 都市地球環境部(H15.4.1)
- 計画調整課、環境配慮事業課、環境影響評価課
- 環境改善部
- 計画課、大気保全課(H15.4.1)、有害化学物質対策課、環境保安課
- 自動車公害対策部
- 計画課、交通量対策課、規制課(H15.4.1)
- 自然環境部
- 計画課、緑環境課(H15.4.1)、水環境課(H15.4.1)
- 廃棄物対策部
- 計画課、一般廃棄物対策課、産業廃棄物対策課
福祉局
- 総務部
- 総務課、計画調整課、福祉改革推進課、計理課、職員課、監理指導課
- 生活福祉部
- 保護課、指導援護課、地域福祉推進課、山谷対策課
- 高齢者部
- 計画課、在宅サービス課、施設サービス課、指導検査課、施設経営課
- 子ども家庭部
- 計画課、育成課、子育て推進課
- 障害福祉部
- 計画課、在宅福祉課、施設福祉課
- 保険部
- 介護保険課、国民健康保険課、医療保険課、医療助成課
健康局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、職員課
- 医療政策部
- 医療政策課、救急災害医療課、医療安全課、医療人材課
- 医療サービス部
- 医療サービス課、子ども医療課、精神保健福祉課、疾病対策課、感染症対策課
- 食品医薬品安全部
- 安全対策課、食品監視課、薬務課、薬事監視課
- 地域保健部
- 保健政策課、健康推進課、環境保健課、環境衛生課、環境水道課
病院経営本部
- 経営企画部
- 経営企画課、財務課、職員課
- サービス推進部
- 患者サービス課
産業労働局
- 総務部
- 総務課、職員課、計理課
- 産業政策部
- 企画調整課、調査研究課
- 商工部
- 調整課、創業支援課、経営革新課、地域産業振興課、金融課、貸金業対策室(H15.4.1)
- 観光部
- 企画課、振興課
- 農林水産部
- 農政課、農業振興課、農業基盤整備室、水産課、林務課
- 労働部
- 調整課、労働環境課、就業推進課、能力開発支援課、公共訓練課
中央卸売市場
- 管理部
- 総務課、市場政策課、財務課、新市場建設室
- 事業部
- 業務課、施設課(H15.4.1)
住宅局
- 総務部
- 住宅政策室、総務課、経理課
- 地域住宅部
- 地域調整課、計画課、密集地域整備課、技術開発課
- 民間住宅部
- 民間計画課、優良住宅課、免許課、指導課
- 住宅経営部
- 管理課、業務指導課、資産活用課、総合計画課、施設整備課
建設局
- 総務部
- 総務課、企画調整課、技術管理課、職員課、計理課、用度課
- 用地部
- 管理課、用地課、調整課
- 道路管理部
- 管理課、路政課、監察指導課、保全課、安全施設課
- 道路建設部
- 管理課、計画課、関連事業課、街路課、道路橋梁課
- 公園緑地部
- 管理課、計画課、公園課、公園建設課、霊園課
- 河川部
- 管理課、指導調整課、計画課、改修課、防災課
- 市街地整備部
- 管理課、計画課、区画整理事業課、再開発事業課、工事調整課
- 多摩ニュータウン事業部
- 管理課、宅地販売課、建設事業課
港湾局
- 総務部
- 総務課、企画課、計理課、財務課
- 港湾経営部
- 経営管理課、振興課、水域管理課
- 臨海開発部
- 開発企画課、誘致促進課、開発整備課、海上公園課
- 港湾整備部
- 建設調整課、計画課、技術管理課、施設建設課
- 離島港湾部
- 管理課、計画課、建設課
出納長室
- 総務課、公金管理課、会計企画課、出納課